一、盈利能力问题
1、农产品价格政策对农业企业盈利能力的影响
我国是农业大国，为加速工业化发展进程，长期以来，农产品价格政策的目标侧重于减少城市消费者食品支出，为工业发展积累资金，从而影响农业产业的盈利能力。
2、自然灾害及疫病影响农业企业盈利的稳定性
我国农业尚未从根本上摆脱靠天吃饭的局面，外部环境如气候、自然灾害、环境污染、病虫害、疫病等对农业产量的影响很大，农业生产的脆弱性表现得十分突出，盈利的不稳定因素仍然存在。
3、经营模式对农业的影响
当前，农业产业化经营的主要模式是“公司＋农户”，这种模式的突出问题是，公司和农户很难结成利益共同体。在当今市场波动频繁和经营多元化的新情况下，公司和农户无法正确预测农产品的价格变化，又无法控制各自的经营行为，因而订单履约率很低。探索和完善先进的经营模式对提高企业盈利能力意义重大。
4、国家政策大力扶持农业发展
四年来均以中央一号文件体现对农业的政策支持，提供各项政府补助及税收优惠，但也同时表明农业企业的自主生存能力较弱,盈利能力差。
二、规范问题（财务及法律）
1、结算方式与交易记录
部分农业企业的销售对象或采购对象主要为自然人，致使企业大量使用现金结算方式，并无需要开具销售发票且不能取得采购发票。现金结算方式使财务控制风险加大，而交易过程未留下资金流转轨迹，且无外部票据，交易的真实性难以证实。
2、生物资产计价与盘点
生物资产是指与农业相关的有生命的动物和植物。生物资产与企业的存货、固定资产等一般资产不同，其具有特殊的自然增值属性，因此导致其在会计确认、计量和相关信息披露等方面也体现出一定的特殊性。也正是因为其是有生命的特殊资产，部分需要生活在特定的环境中，因此给对生物资产（特殊是水产养殖）实物的盘点造成困难。
3、会计基础工作和内部控制薄弱
农业企业往往现代管理意识不强，加之财务人员素质普遍不高，致使会计基础工作较差，内部控制薄弱。
4、财务造假嫌疑
由于银广夏、蓝田股份等农业上市公司巨额造假，使农业企业一时成为造假的代名词，农业行业的特殊性使其财务造假更为方便，其他特殊性主要表现在：
一是农业企业往往存在大量的农产品（如种植业和养殖业），其生产能力不如一般制造企业容易推算，农产品数量也不容易盘点，导致农产品资产的真实性难以确定；
二是由于农产品的特殊性，部分农业企业采购和销售不需要正式票，且大部分为现金交易，农业经营活动轨迹的记录缺乏有力的证据，导致农业活动的真实性难以确定；
三是国家大力扶持农业发展，给予较大的税收优惠，从而使财务造假成本低廉。
上述特殊性为农业企业财务造假较之一般制造企业而言更为便利。
5、社保问题
由于农村乡镇的社保制度还没有完全建立，这构成了农业企业上市的一个障碍或成本难题。而由于农业企业普遍是农民工、季节工，流动性较大，社保难交，这与发审部门严格要求的员工必须缴纳基本养老保险等条款规定相违背，而该方面规定是商业保险不能取代的。
6、资产产权问题
农业生产企业普遍集体企业为多，集体资产到个人资产的转让、以及资产变化后对实际控制人的界定、控制权等问题受到监管层的高度关注。
农业企业往往涉及集体农用地、集体荒山、山林地、海域使用权等较为特殊的产权合法性问题。
三、募集资金投向问题
由于农业是一个大投入、回收期长的行业，很难确定短期的募资投向，需筹集大笔资金扩展业务的农业企业并不多见。而已上市的农业企业中，背农现象较为普遍。